가지급금과 대표이사의 특허권 상계 - 잘못하면 세금폭탄의 덫

 1. 기술개발

서울 용산의 한 IT 도소매 업체. 2002년부터 LG, HP, Dell 등의 컴퓨터 및 서버를 납품·유통하며 사업을 키워온 A사는, 소규모지만 IT에 밝은 대표이사 B의 주도 아래 랜섬웨어 대응 기술을 내부적으로 연구하기 시작했습니다.

대표 B는 2015년경부터 백업 시스템에 관한 아이디어를 떠올렸고, 이를 토대로 2019년에 “접근 제어 기반 데이터 분산 저장 시스템 및 방법”이라는 이름의 특허를 출원했습니다. 최초 출원인은 법인 A사, 발명자는 대표이사 B 외에도 법인 직원 둘이 함께 기재되었습니다.

통상적으로 대표이사 또는 임원은 대부분 그 분야의 고급기술과 지식을 가지고 있고, 수십년의 경력과 노하우를 가진 최고의 전문가인 경우가 많습니다. 그 기술과 노하우를 법인에 넘겨주고 억울함을 호소하는 대표이사 또는 임원분들의 하소연이 의외로 많습니다.

실무현장에서 개인의 노력과 땀이 깃든 특허와 기술을 법인에 넘기고 세금폭탄까지 맞은 대표이사님의 호소를 들으면 먹먹해집니다. 하지만 소송에서 승소하기는 여간 힘들지 않은 것이 가지급금과 특허권이 상계 된 사안입니다.

 

2. 특허권 양도와 가지급금 상계

대표이사 B가 주도하여 개발한 기술은 특허를 냈고 특허를 주식회사 법인으로 양도하고 회사는 이를 매입하여 영업에 활용하였습니다. 회사의 회계장부에도 이 특허권을 대표이사 B로부터 매입한 것으로 기록 하였습니다.

수억원의 특허권 매입 비용은 회계처리 되었고, 특허 대금은 대표이사의 가지급금과 상계되었습니다. 즉, 실질적으로는 회사가 대표에게 돈을 건네지 않고 가지급금 채권과 상계처리 하였습니다. 동시에, 법인은 이 특허권을 무형자산으로 계상하고 감가상각비를 손금으로 반영하여 법인세를 줄였습니다.

 

3. 국세청의 공격 - “특허권 소유는 법인 이다”

① 세무조사

어느날 갑자기 들이닥친 국세청은 가지급금과 상계 된 특허권에 대하여 세무조사를 통해 과세 처분을 하였습니다.

② 국세청 판단

“이건 대표이사의 개인 자산이 아니라, 법인의 직무발명이다. 이 특허를 대표이사로부터 매입했다고 보기 어렵고, 실질은 회사 것이었다.”

③ 부과처분

쟁점특허권의 취득가액: OOO원

감가상각비 손금산입액: OOO원

법인세 경정·고지금액: OOO원

상여 소득금액변동통지 금액: OOO원

 

4. 국세청의 세금 부관처분 이유

 

1. 연구일지의 신빙성 부족

대표이사가 제출한 연구일지는 단순한 연구 아이디어이며 실질적 연구기록으로 볼 수 없다.

2. 기술개발자인 대표이사가 개발비를 직접 부담했다는 주장 입증 실패

성능시험을 맡겼다는 외부 인물 ‘C’에게 현금으로 지급했다는 주장과 달리,

해당 인물의 소득신고 내역에서 그 연구비 수령 사실이 확인되지 않음

3. 출원 당시 특허 명의자와 발명자 모두 법인 소속

법인명의로 특허를 출원하고 발명자 또한 대표이사와, 연구소장 등이 공동발명자로 등재

4. 출원·등록 관련 비용을 법인이 부담

특허 관련 비용, 감정평가비용, 출원 수수료 등은 법인 명의로 세금계산서 수취 및 매입세액 공제

5. 기술 내용이 법인의 업무와 밀접한 연관

특허 기술은 랜섬웨어 대응을 위한 데이터 백업 및 접근제어 시스템으로 대표이사 역시 해당 업무를 수행해온 기술 실무자 출신

6. 대표이사의 진술 및 확인서 제출

대표이사는 세무조사 과정에서 해당 특허의 실질 소유권은 법인에 있다고 확인서에 서명 함

7. 법인이 이미 해당 특허를 권리처럼 사용한 정황 존재

세무조사 시 법인의 연구소장 PC에서 해당 특허를 법인의 연구실적으로 보고한 사실 확인

 

4. 조세심판원 심판

 

① 대표이사의 항변

대표이사 A씨는 다음의 이유로 이의 신청을 하여 조세심판원까지 가며 부당함을 호소 했습니다.

“이건 내가 수년간 개인적으로 연구하고, 돈 들여 개발한 내 발명입니다. 법인은 관여 안 했습니다.

② 조세 심판원의 판단

특허권이 형식적으로 대표이사 개인에게 등록되었더라도, 실질적 소유권이 법인에 있다면 법인에 귀속된 것으로 보아야 하며, 대표이사의 실질적인 연구 개발비 지출을 인정하기 어렵고, 기술은 대표이사의 직무와 밀접히 관련된 직무발명으로 보인다. 과세는 명의가 아닌 실질 귀속자 기준으로 이루어져야 한다.

 

5. 맺으며

대표이사의 오랜 경험과 기술력으로 발명된 특허라도, 그 기술이 회사의 업무 범위와 밀접하고 회사의 인프라와 인력을 일부라도 활용하였다면, 특허는 ‘개인발명’이 아니라 ‘직무발명’으로 간주될 수 있습니다. 따라서 철저한 분리가 필요합니다.

 특히 가지급금 정리를 위한 수단으로 특허권을 양도하는 방식은 세무상 허용 될 수 있는 정당한 거래지만, 실제 국세청에서는 부정적인 입장에서 매의 눈으로 바라보게 됩니다.

 

✤특허권 양도, 대표이사 또는 임원이 반드시 준비해야 할 4단계

 1. 기술 개발 전

개인과 법인의 업무를 명확히 구분, 사규 정비 확인

2. 개발 과정 중

연구일지, 개발비용, 실험기록을 시간 순서대로 개인 명의로 보관

3. 특허 출원 시점

반드시 개인 명의로 출원

4. 법인 이전

감정평가, 정당한 대가 지급, 명확한 양도 계약서 확보 필요